ไทยลีก 3 คัพ เปิดให้สโมสรทุกสโมสรในไทยลีก 3 สมัครเข้าร่วมการแข่งขัน การแข่งขันในทุกรอบจะเป็นการแข่งขันแบบนัดเดียว ยกเว้นรอบรองชนะเลิศซึ่งเป็นการแข่งขันแบบสองนัด รอบรองชนะเลิศมีการใช้กฎประตูทีมเยือนและการยิงลูกโทษ

สำหรับรอบชิงชนะเลิศ จะจัดขึ้นที่สนามกลาง และหลังจากต่อเวลาพิเศษ จะตัดสินด้วยการยิงลูกโทษ